Журнал Моделирование и анализ информационных систем (МАИС) издаётся как зарегистрированное периодическое научное издание с 1999 г.  До этого времени с 1994 г. публиковался ежегодный однотомный сборник статей с тем же названием, и нумерация томов журнала ведётся с первого выпуска. Учредителем журнала является Ярославский государственный университет им. П.Г. Демидова.

С 1999 г. по 2006 г. выходили ежегодно 2 номера журнала, с 2007 г. по 2011 г. – 4 номера, с 2012 г. по 2018 г. каждый том был представлен 6 номерами. C 2019 года журнал выходит ежеквартально.

В 2005 году журналу присвоен международный сериальный номер ISSN 1818–1015, с 2007 г. журнал МАИС входит в Перечень ВАК рецензируемых научных изданий, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученой степени кандидата наук, на соискание ученой степени доктора наук.

Начиная с 2007 года параллельно с печатной издается также on-line версия журнала (ISSN 2313–5417).

В 2014 г. Моделирование и анализ информационных систем вошел в число победителей открытого конкурса Минобрнауки РФ по государственной поддержке программ развития и продвижения российских научных журналов в международное научно-информационное пространство и стал одним из двух математических журналов, победивших в направлении «Точные и естественные науки».